あらすじ

ゴジラを倒して半世紀が経とうとした頃、一隻の原子力潜水艦が巨大な生物と遭遇し、消息を絶つ。防衛軍はこれをゴジラであると推察、その出現を警戒する。その頃、日本各地で次々と怪事件が勃発、調査に向かった報道陣は謎の老人に遭遇し、“護国三聖獣”の存在を知らされる。ついにゴジラが日本に上陸。それに呼応するかのように聖獣たちも目を覚ますのであった。